Miejskie Zakłady Autobusowe Spółka z o.o. posiadają dwustopniową strukturę organizacyjną:
I – Zarząd
II – Trzy piony nadzorowane przez:
- Prezesa Zarządu
- Członka Zarządu ds. Finansowych
- Członka Zarządu ds. Operacyjnych
Oddziały Miejskich Zakładów Autobusowych
- R-1 „WORONICZA”
Oddział Przewozów
- R-2 „KLESZCZOWA”
Oddział Przewozów
- R-3 „OSTROBRAMSKA”
Oddział Przewozów
- R-4 „STALOWA”
Oddział Przewozów
- R-5 „REDUTOWA”
Oddział Przewozów (działalność zawieszona) - R-6 „PŁOCHOCIŃSKA”
Oddział Przewozów